Глубоководный археолог Хироши Ибуки — член команды, работающей на дне моря в надежде обнаружить истоки существования Земли, но вместе этого обнаружившей таинственную колонию бактерий, которая испускает свет, похожий на северное сияние. Возродившись, древние бактерии попытаются сделать мир пригодным для себя, и этот процесс приведет Землю к его ранней первобытной форме, в ходе развития убивая всю нынешнюю жизнь.
В некотором городе, под названием Нью-Йорк, коварный Шреддер вместе со своими приспешниками, членами клана «Фут», организовал полномасштабный режим террора. И воцарились хаос и ужас среди мирного населения. Но для всякого зла найдётся противоборствующая сила. Из тени канализационных шахт, словно гром среди ясного неба, объявляется четвёрка смельчаков-мутантов, внешне похожих на черепах. Используя свои ум, силу, сплоченность и даже знания боевых искусств, отряд борцов за справедливость вступает в противостояние со Шреддером и его командой.
События сериала происходят в Осаке, где-то во втором тысячелетии. Технологический прогресс шагнул настолько сильно вперёд, что в мире появилось совершенно новое оружие под названием «нимрод». Условия для активации этого оружия таковы: нужно, чтобы два человека пожали друг другу руки, тем самым призывая нимроды из своей души. Каждая пара обладает своими скрытыми желаниями, которые они стремятся воплотить в жизнь. Лучшей же из пар выпадет шанс сразиться с самим «Богом».
В самом центре этих событий оказывается обычный старшеклассник по имени Тадзуна. Он попадает в некую лабораторию, где находит спящую девушку по имени Коёри. Поддавшись своим скрытым желаниям, Тадзуна касается руки Коёри, и внезапно их переносит в совершенно другой мир. Они становятся парой, способной призывать нимроды. Тут-то и начинается их приключение на пути к «Богу».
Любовь и мечты – это все, что есть у смелого гонщика Вена и талантливой балерины Лидии в их безграничном и хаотичном мире. А между тем трагическое недоразумение между кораблем слежения землян и армадой космического флота цивилизации с планеты Элизиум оборачивается началом межпланетной космической войны. Красота истинных чувств и ожесточенные космические баталии, технологии XXII века и удивительная мощь вселенной, злые силы и всепобеждающее добро – все это будет… в фильме.